当NERV的训练基地因为内部竞争而变得热火朝天时，一场看不见的瘟疫，正在东京这座都市的脚下，悄然蔓延。
小野田博士投下的那管「菌巢之心」，在阴暗潮湿的下水道系统中找到了最完美的温床。
经过一段时间的发酵，淡黄色的菌丝网络已经彻底占据了包括东京丶京都在内的数个核心版块的地下水道系统。
它如同一张巨大的神经网络，将城市的地下动脉彻底包裹丶侵占，悄无声息地汲取着养分，积蓄着力量。
最初，生活在这座城市里的人们，只是从一些生活细节中，发现了一丝奇怪。
「奇怪，最近家里的下水道怎麽老是堵？」一位家庭主妇在厨房里，一边用疏通剂费力地处理着水槽，一边向丈夫抱怨，「通过一次，没两天又堵上了，水流下去的速度越来越慢。」
「是吗？我们公司厕所也是，物业都来修了好几次了，说是管道里长了些奇怪的滑腻腻的东西，怎麽也清理不乾净。」她的丈夫看着报纸，随口应和道。
地铁站内，一名清洁工正费力地擦拭着站台边缘的地面。「真是见鬼了，这几天地面怎麽这麽潮，拖了一遍又一遍，总感觉黏糊糊的，空气里还有股……说不出来的土腥味。」他对着同事抱怨道。
市政厅的电话都快被打爆了，一名工作人员看着屏幕上急剧上升的报修工单，焦头烂额：「整个东京的排水系统流速下降了近40%！派出去的检修队也查不出原因，管道里什麽都没有，就是水流得慢！」
社交媒体上，也开始出现一些零星的帖子。
「【求助】有没有人知道，为什麽我家猫最近老是冲着厕所的地漏哈气？跟见了鬼一样！」
「楼上+1，我家的狗也是，半夜老是冲着墙角狂叫，以前从来没有过。」
