战场上的尘埃落定，西拉的故事也以一种近乎童话的方式，画上了句号。
苏启和阿斯卡驾驶着EVA，准备返回NERV，接下来，还有一大堆麻烦事在等着他处理。
正木敬吾虽然倒了，但他在NERV内部留下的影响力还在，他需要安抚那些因为「神明」陨落而陷入信仰崩塌的成员；
全球理事会那边，也一定会就这件事情，对他这个首席科学家进行最严厉的质询；
而他自己，也需要借着这个机会，想办法说服那些疑心重重的政客，让自己顺理成章地接管NERV，成为新的总司令。
千头万绪，都需要他去应对。
可就在这时，异变突生！
初号机驾驶舱内，一直平稳运行的各项数据，突然开始疯狂地跳动！刺耳的红色警报声瞬间响彻了整个驾驶舱！
「警告！警告！检测到未知生物信号入侵！」
「驾驶员神经连接被强制接管！」
「A10神经脉冲同步率异常！」
「怎麽回事？！」苏启的瞳孔骤然收缩，他立刻试图查看机体状态，却惊骇地发现，自己与初号机的连接正在被一股外力强行切断，那些原本如同臂使的控制系统，在这一刻变得无比滞涩丶陌生，甚至开始反抗他的指令！
那感觉，就像一个黑客，在自己的大脑里安装了一个后门程序，正在疯狂地夺取「最高管理员权限」！
一直潜伏在初号机内部，附着在「雷丘兰星人能量核心」上的比佐摩幼体，终于露出了它狰狞的獠牙！
它在初号机与邪恶迪迦的激战中，悄悄地汲取着逸散的能量，早已完成
