母体数据混乱与崩坏，因此先知决定把这些抗拒母体的人类放在某个“容器”保存，那个容器就是锡安城（关于锡安是另一个深层母体还是位于现实世界的地下深处的争论在玩家中就一直没有停止过），但自由人类会依靠繁殖而使族群增加，最终仍会导致母体毁灭。
因此机器城市想到了一个解决办法，把这些“错误代码”集中到某个特定人类身上，使他变成所谓的“救世主（TheOne）”，预见到此状况的工程师和先知，把重启母体的程式码放在救世主体内，当母体崩坏前，救世主能重启三代母体免于灭亡。
这也是为何机器方选择不直接杀掉反抗者，反倒让他们建立锡安城，目的是让救世主与人类产生情感，历代救世主无一例外，都会为了不让99%接入矩阵母体的人类在虚拟现实中死亡，选择消灭掉锡安1%的人类，为大义而牺牲小我。另一方面，机械城市需要救世主去学习人类情感，获取资料，让母体升级都能打造出更真实的虚拟世界，使人类越来越难以发现异常。并在此过程中让机器生命获得人类最宝贵的“创造力”，达成更高级的进化。
每当一个从创世到灭世的循环完成，机器城市会再从人类里选出16位女性和7位男性重建锡安城，然后再选出新的救世主，进行无限循环，保持着微妙的平衡。但唯一的例外（程序错误）还是产生了。新任救世主尼奥不同于前几任救世主，他宁可选择拯救心爱的女人，打破整个循环，这就是《骇客帝国》的核心剧情架构。
事实上，经历过庇护所版《骇客帝国》三部曲后续衍生剧情洗礼的大玩家们，要比原版4代《骇客帝国：矩阵重启》所展现的剧情的思考和理解要更加深邃。正如被玩家们津津乐道的锡安城在三部曲剧情落幕，介入主线的玩家也陆陆续续撤离后的地下管线的衰败景象以及历代救世主后续个人剧情的展开，还有那些肆虐管线的“电子幽灵”以及因庇护所破碎而未完成的《最后一次驱魔》，都在“忠于原著，高于原著”的核心诉求下，达到了超越原初剧情的庇护所高度。
正如同吴尘在短暂介入的《疯狂的麦克斯》碎片时空中，经由肥宅位面电梯特有的剧情畸变规则，完成衍生主线的阶段性最大收割的同时，还一举将废土末日科幻提升为废土朋克科幻。
